제 2차 네오지옹 전쟁(샤아의 반란)으로부터 12년.

U.C.0105년- 지구연방정부의 부패로 인해 지구의 오염이 가속되어, 강제로 민간인을 우주로 연행하는 비인도적 정책 “사람 사냥”도 일어나고 있었다. 그런 연방정부의 관리를 암살하는 가혹한 행위로 저항을 시작한 것이, 반 지구연방정부운동 “마프티”이다. 리더의 이름은 마프티 나비유 에린. 그 정체는 일년전쟁에서 싸운 연방군 대령 브라이트 노아의 아들, 하사웨이였다. 아무로 레이와 샤아 아즈나블의 이념과 이상, 의지를 담은 전사로서 나아가려는 하사웨이지만, 연방군 대령 케네스 슬렉과 수수께끼의 미소녀 기기 안달루시아와의 만남이 그 운명을 크게 바꾸어 간다.